Boncuklu Höyük, Türkiye'nin Karatay ilçesinde arkeolojik sit alanı.

Boncuklu Höyük, kerpiçten yapılmış oval yapıları ve yaşam alanlarının altında belirgin gömü alanları olan bir yerleşimdir. Kazılar, yapıların erken yerleşim alanında nasıl organik olarak düzenlendiğini ortaya koymaktadır.

Yerleşim, MÖ 8300 civarında başlamış ve Orta Anadolu'nun en erken tarım topluluklarından biri olarak kabul edilmektedir. Daha iyi bilinen komşu sit alanından yaklaşık 1000 yıl önce ortaya çıkmıştır.

İlk sakinler, Anadolu platosunda bulunan en eski seramiklerden bazılarını üretmiş ve malzemelerle çalışma becerilerini göstermişlerdir. Bu zanaat geleneği, yaşam biçimlerini şekillendiren teknikler hakkında büyüyen bir bilgi birikimine işaret etmektedir.

Sit alanı aktif olarak ziyaret edilebilir ve Liverpool Üniversitesi'nin devam eden araştırmalarıyla şekillenmektedir. Ziyaretçiler, alanın farklı kazı aşamalarında olması nedeniyle tozlu koşullara ve engebeli zemine hazırlıklı olmalıdır.

Genetik analiz, bu erken yerleşimin sakinlerinin, daha sonra yakınlardaki iyi bilinen bir sit alanında yaşayan insanların doğrudan ataları olduğunu göstermektedir. Bu keşif, bölgedeki insan yerleşiminin iki önemli dönemini birbirine bağlamaktadır.