Santa Margherita in Trastevere Kilisesi, Roma'nın Trastevere semtinde bulunan Rönesans dönemi bölge kilisesi.

Santa Margherita in Trastevere Kilisesi, Roma'nın Trastevere semtindeki Piazza di Sant'Apollonia'da yer alır. İki katlı cephesi palmiye dallı bir haçla taçlanır; ön yüzünde bakire ve şehit Azize Margherita ile piskopos ve şehit Aziz Emygdius'a adanan çift ithaf yazılıdır. İçeride beşik tonozlu tek nef ve yarım daire apsis, üç yan şapele açılır.

Kilise 1680 yılında Kardinal Girolamo Gastaldi tarafından yaptırılmış ve mimar Carlo Fontana tarafından yeniden inşa edilerek 1288 yılına dayanan orijinal yönü değiştirilmiştir. Bu dönüşüm, Roma genelinde birçok yapıyı yeniden şekillendiren Barok döneminin yenilenme hareketlerini yansıtır.

Yüksek sunağın sunak resmi, yeniden inşa edilen kilise için 1680-1683 yıllarında yapılmış Giacinto Brandi'nin «Şeytanı Yenen Azize Margareta» adlı eseridir; yanlardaki oval resimler Giuseppe Ghezzi'ye aittir. Sol şapelde Baciccio'nun «Aziz Francesco ile Azize Chiara Arasında Lekesiz Gebelik» tablosu asılıdır. Cephede Azize Margareta ile piskopos ve şehit Aziz Emygdius'a adanmış çifte ithaf yazısı bulunur.

Kilise, Trastevere'de Piazza di Sant'Apollonia 13'te, Viale di Trastevere'ye birkaç adım mesafededir. Yanındaki manastır konutlara dönüştürüldüğünden kilisenin girişi tek geçiştir. 1996'ya kadar burada Sant'Emidio Kardeşliği ayin yapıyordu; 2 Şubat 1997'den beri kilise Roma Vikaryosu'ndan bir rahibe emanet edilmiştir.

Kilise ayrıca Santa Margherita della Scala ve Santa Elisabetta adlarıyla da anıldı; rahibeler, VII. Alexander döneminde Roma'da yapılan bir ziyaretin tutanaklarının doğruladığı gibi, kapanma yemini olmadan bizzoche olarak yaşadı. Cephede Azize Margherita ile piskopos ve şehit Aziz Emygdius'a adanmış çifte ithaf yazısı bulunur.